مکتب تفکیک ، یا مکتب مشهد و مکتب معارف ، مکتبی در علوم مذهبی شیعی است که پیروانش بر تفکیک آموزه‌های فلسفی از روش‌های دین‌شناسی تأکید دارند . این مکتب منتج از آموزه‌های میرزا مهدی اصفهانی در مشهد شکل گرفت . مکتب جداسازی سه روش معرفت و سه مکتب شناختی است در تاریخ شناخت ها و تأملات و تفکرات انسانی . یعنی قرآن ، فلسفه و عرفان .

نقدهایی که در این مجال میتوان بر مکتب تفکیک روا داشت به این شرح است :

** آنچه امروزه به غلط از آن با عنوان مکتب تفکیک یاد میشود ، در واقع توهم انگاره ای بیش نیست . زیرا " مکتب " در اصطلاح به یک دستگاه معرفتی و فکری نظام مند اطلاق میشود ، در حالیکه پیروان این رویکرد ، هیچ ساختاری معرفتی منسجمی ارائه نکردند و به نوعی واکنشی است متعصبانه از سوی گروهی دین پژوه در مقام دفاع از ساحت دین ، در برابر دشمنی فرضی همچون فلسفه .

** جدایی ذاتی فلسفه و عرفان از معارف دینی ، درست همانند جدایی فلسفه از عرفان و و نیز جدای ذاتی تک تک معارف دینی از یکدیگر و بر اساس ظابطه ی معرفت شناسانه است ، کشف و ابداعی تازه نیست که طرفداران تفکیک ، ناشیانه تنها بخشی از آن را که به سود خود می انگاشته اند تصاحب کرده و به خود منسوب داشته اند .

** اصطلاح تفکیک و مخالفت با فلسفه و عرفان گرچه برای اولین بار در دهه های اخیر در مکتب معارفی خراسان بکار رفت ، لکن برخلاف آنچه که ادعا شده نظریه ای نوظهور که ریشه در اندیشه های ؛ سید موسی زرآبادی ، میرزا مهدی غروی ، و شیخ مجتبی قزوینی داشته باشد نیست ، بلکه در طول تاریخ و در قالب های گوناگون همچون ، متکلمان اشعری ، امام محمد غزالی و تندیس تردید ؛ امام فخر رازی و ... نمودار شده است . 

** دشمنی و ستیزه جویی با فلسفه و آموزه های عقلانی ، پیروان این مکتب را تا بدانجا پیش برده که برای گریز از سنخیت " علت و معلول " بدیهی ترین قاعده ای را که اساس هرگونه تفکر و اندیشه ، بلکه اساس آفرینش و هستی ست ، از بیخ و بن انکار کنند ، حال تو خود بخوان حدیث مفصل از این مجمل ! آیا با چنین دیدگاهی امکان وقوع گفتگو و مجادله با ایشان میسور است ؟! چگونه ممکن است بدون یاری قواعد و اسلوب عقلانی ، به آموزه های دینی ، حتی در ساحت احکام دست یازید ؟!

** یکی از مغالطه هایی که برخی از نظریه پردازان و پیروان تفکیک ، دچار آن شده اند ، مصادره ی به مطلوب و جزم اندیشی است ! کاستی ای که بیشترین آسیب را به حوزه ی دین پژوهی میزند و فاجعه می آفریند . مدعیان تفکیک ، قرائت و برداشت خود از دین را منطبق بر واقع می دانند و هرگونه مخالفت با آن را ، مخالفت آشکار با دین ، وحی و فرامین امامن معصوم ، می انگارند و مدعی اند ؛ مخالفان تفکیک اگر نیک بنگرند و از برخی ملاحظات و عناوین دل بکنند ، بخوبی در می یابند که قرآن و اهل بیت که از هرگونه نحله فلسفی تبرا جسته اند طرف ایشان هستند !! 

چیزی که مسلم است این است که ؛ این گروه ، در دوران معاصر در یک طیف و دسته ی واحد قرار ندارند ، گروهی از اساس منکر فلسفه و عرفان اند و شماری ضمن اعتراف به ارزش فلسفه و عرفان ، دیواری به درازای ابدیت میان آندو و معارف دینی ترسیم کرده اند !